За время своего существования Центр создал три научно-образовательных центра (НОЦ). В 2007 г. создан НОЦ совместно с Уральским институтом государственной противопожарной службы (УИГПС) МЧС РФ, в 2010 г. – НОЦ совместно с Уфимским государственным авиационным техническим университетом (УАГТУ). В период 2011–2012 гг. совместно с Уральским Федеральным университетом УРФУ (его Строительным институтом) образован НОЦ «Технология безопасности критичных инфраструктур и территорий» (ТБКИТ). К деятельности этого НОЦ на правах ассоциированных членов официально подключились Тюменский государственный университет нефти и газа (ТГУНГ), Уральская Государственная сельскохозяйственная академия (ректор д.б.н., проф., академик РАСХН И.М. Донник), а также известные в этой области науки ученые из университетов Англии, США, Евросоюза. Научным консультантом НОЦ является чл.-корр. Н.А. Махутов.

24 сентября 2012 г. состоялось первое занятие первой группы магистрантов этого НОЦ, обучающихся по специальности «Безопасность строительных критичных инфраструктур и территорий». Основная задача НОЦ – подготовка специалистов (магистров) в области безопасности критичных инфраструктур и территорий, разработка комплексных междисциплинарных методов решения проблемы их безопасности и анализа риска, их инструментальное приложение к решению практических задач.